自身を平凡で平均的と語る13歳の少年、御巫 理熾(ミカナギ リオ)。

　繰り返すだけのいつもの日常に参加するため、家の玄関を抜けた先は見慣れた門などではなく、ただひたすらに白い世界。そしてそこで待ち受けていたのは神と名乗るえらそうな光の玉だった。

　神の用件は「手詰まりの世界を救って欲しい」というもの。頼む相手を間違えているとしか思えない願いに困惑する理熾。

　しかし「魔法や魔物が存在する」との言葉を聞いて頷き向かった先は、すぐ隣に死亡フラグがチラつく過酷な異世界スフィア。

　なのに救いの願いを出した神から与えられる特別な力などは一切無し。解決すべき問題も知らされず、唯一の情報は『世界最弱の13歳』とのありがたくないものだけ。

　制限と制約だらけの中で、生き残りをかけた試行錯誤の物語が始まる。